Amazon S3 入力ソースの場合、AWS Glue ジョブのブックマークではオブジェクトの最終更新日時を確認して、どのオブジェクトを再処理する必要があるのかを確認します。入力ソースデータが最後のジョブ実行以降に変更されている場合、ジョブを再度実行すると、ファイルが再度処理されます。
ジョブのブックマークを使用した処理済みデータの追跡 - AWS Glue
注意点としては、S3の場合はファイルを対象としているので、新規追加されたファイルはもちろん対象ですが、ファイルが更新された場合も対象となります。つまりファイル内の1行だけ更新がはいっても入力の対象となりETLして出力されます。つまり更新がなかった行も対象になってしまいます。ですので、ブックマーク利用時は基本的には過去のファイルの更新が行わない使い方が望ましいと思います。
Glueの使い方的な④(ブックマーク) - Qiita
