$ cat hoge.tsv HG00001 2009/08/10 ... HG00002 2009/08/10 ... ... HG00024 2009/08/10 ... HG00026 2009/08/10 ...
みたいなデータがあったとして、1列目の数値部分が連続していない箇所を探す Perl ワンライナー。
$ perl -lane 'BEGIN{%h=();$b=0;}$h{substr($F[0],2,)}=$.;END{map{$b++;print $b if($b!=$_);$b=$_;} sort keys %h;}' hoge.tsv 00025 ...
