Linux ではカーネルモードでCPUが使われるのは、システムコール、割込み、カーネルスレッドの3つだと思うが、割込みは %sys にカウントされない。ハードウェア割込みは %irq、ソフトウェア割込みは %soft にカウントされる。
%irq
Show the percentage of time spent by the CPU or CPUs to service hardware interrupts.
%soft
Show the percentage of time spent by the CPU or CPUs to service software interrupts.
mpstat(1): Report processors related statistics - Linux man page