エラーが出るケース
セキュリティーグループのソースを変更するようなケースで、エラーが出ます。
例えば、ソースの設定を 0.0.0.0/0 のように設定していたセキュリティーグループで、ソースをセキュリティグループID(sg-xxxxxxxx)に変更するケースです。（ELBを後から追加した際などに行うことがあると思います）
これまでであれば、CIDRを消してセキュリティグループIDを設定して変更保存すればアップデートできていました。
ところが、現在では下記のように You may not specify a referenced group id for an existing IPv4 CIDR rule エラーとなります。（中略）
[小ネタ]セキュリティグループ変更時にYou may not specify a referenced group id for an existing IPv4 CIDR ruleと表示された際の対応方法 | DevelopersIO対策方法
一旦そのルールを削除して、新規ルールを追加して設定してください。
