GitHub Pages は、デフォルトでは Jekyll を使ってサイトを構築します。 Jekyll 以外の静的サイトジェネレータを使いたい場合、公開元のルートに .nojekyll という空のファイルを作成し、お使いの静的サイトジェネレータの指示に従ってローカルでサイトをビルドします。
GitHub Pages について - GitHub Docs
ということなので、
$ touch .nojekyll $ git add .nojekyll $ git commit -m "added .nojekyll" $ git push origin master
.nojekyll を作成して、リポジトリに push するとできた。